水中細菌的大小一般在0.2-80微米范圍內。細菌可粗分為6種類型，即細菌（狹義）、放線菌、螺旋體、支原體、立克次氏體和衣原體。水中常見細菌引起的疾病如下：

◆ 霍亂弧菌—霍亂
◆ 埃希氏大腸桿菌—腹泄
◆ 沙門氏菌—傷寒
◆ 志賀氏菌—痢疾
◆ 病毒：大小為15nm-300nm，不能離開生物體的細胞單獨繁殖，由一層蛋白質外殼包裹DNA或RNA。
◆ 引起腹泄的病毒：諾沃科病毒（Norwalk）、螺旋病毒（rotavirus）。